VPN接続について

VPN接続についての質問があります。 プライベートネットワーク領域にNASサーバーを立てたのですが、このサーバーにはVPNサーバー、Webサーバーが内蔵されており、双方を起動させています。外部への接続のためのルーター（Yamaha製）はVPNをスルーさせる設定をしております。 ここで質問なのですが、外部からVPN設定をしているリモートでNASサーバーへ接続を行う際に、このプライベートネットワークへの接続（グローバルアドレス）の全てがVPN接続になるのでしょうか、 或いはVPNサーバーが起動しているNASサーバーへの接続のみがVPN接続となるのでしょうか？ NASサーバーへのWebDAV接続の際にVPN接続であることの検証はどの様に行えばよいのでしょうか？　 よろしくお願いいたします。